Oui.
Le Code précise que « […] Si après la résiliation du contrat de travail de la part soit de l’employeur soit du salarié, ce dernier quitte son emploi avant d’avoir joui de la totalité du congé qui lui est dû, l’indemnité correspondant au congé non encore pris lui est versée au moment de son départ, sans préjudice de ses droits au préavis de licenciement. »
Le Code ne réglemente certes pas l’hypothèse de la cessation automatique du contrat de travail après une longue période de maladie du salarié, mais la Cour d’appel a cependant affirmé qu'il n'y avait pas lieu de distinguer entre les diverses causes de cessation du contrat de travail de sorte que le salarié a droit à une indemnité de congé non pris également dans le cas d’une résiliation de plein droit du contrat de travail suite à une absence de très longue durée du fait d’une maladie.
Le salarié ne perd par conséquent pas son droit au congé annuel payé qu'il n'a pas pu exercer pour cause de maladie et en cas de cessation des relations de travail – soit qu’il y ait eu résiliation du contrat de travail soit que ce dernier ait pris fin de plein droit – une indemnité financière sera due correspondant au congé restant non encore pris.